かつて（日本に初めて鉄道が敷設された明治時代から第二次大戦直後まで）は国（鉄道寮→鉄道院→鉄道省→運輸省）が全国の主要路線を運営していたが、行政機関から公共企業体（日本国有鉄道）などへの変革を経て、国鉄分割民営化により国鉄そのものが解体され、JRグループ7社に承継されている。
JRグループのほか、地域によっては私鉄も存在する。大都市圏にある大手私鉄・準大手私鉄は主に都心と郊外を結ぶ路線網を構築している。中小私鉄は主にJRの駅から離れた都市とJR駅を結ぶ役割のものが多い。大都市では地下鉄もある。日本では地下鉄はいずれも特殊会社または地方公営企業（公営交通）の形態をとっている。
法規上路面電車は軌道法に準拠し、厳密には「鉄道」ではないものがほとんどである。路面電車は撤去が進んだが、現在でも一部の都市で運行されている。地方公営企業（公営交通）形態のものと民間企業（私鉄）形態のものが混在する
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