日本商法典では、商行為は、それを行った場合、当事者の一方が行った場合は双方が商法の適用を受ける（3条）。501条および502条を中心として商行為に関する規定がある。
この商行為を先に定義し、それを基軸として商法の適用範囲を規定する方法を商行為主義、あるいは行為の性質に着目していることから客観主義という。これに対して商人概念を先に定義する方法を商人主義、あるいは行為の主体に着目することから主観主義という。日本商法は商行為概念から商人概念を導きだす構成が基本となっているが、商人概念から商行為概念を導く規定も併存しているため、折衷主義を採っているといわれる。日本商法では、商行為概念が商法の適用を受けるべき主体であるところの商人、会社、船舶を定義する際に商行為概念が用いられている。すなわち自らを権利義務の帰属主体として商行為を営業として行う者が商人であり（4条1項）、商行為を行うことを目的として航海に用いられるものが船舶である（684条）。
ある行為が商行為であるかどうかが争われる理由は様々あるが、頻繁に登場するのは商事法定利率や商事時効の規定が適用されるか否かを争う事例である。民法上の法定利率が年5パーセントであるのに対して商事法定利率は年6パーセントであるため（514条）、利息を請求するものにとっては商行為である方が、つまり商法の適用がある方が有利である。また商行為によって発生した債権は民法上の原則である10年よりも短い5年で消滅時効にかかるため（522条）、当事者の利害に重要な差をもたらす。
商人が平常取引をする者からその営業の部類に属する契約の申込みを受けたときは、遅滞なく、契約の申込みに対する諾否の通知を発しなければならず、通知を発することを怠ったときは、その商人は、同項の契約の申込みを承諾したものとみなす（509条）。
商行為となる行為によって債務を負担したときは、その債務は、連帯債務になり、保証したときは、連帯保証となる（511条）。
商人がその営業の範囲内において商人でない他人のために商行為をしたときは、相当な報酬を請求することができる（512条）。
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